2018 में सोफिया चेन्नई से थूथुकुडी जा रही फ्लाइट में सवार हुई थी। इसी विमान में तमिलीसाई, जो कि अब तेलंगाना की राज्यपाल व पुडुचेरी की उपराज्यपाल हैं, भी सवार थीं। उन्हें देखकर सोफिया ने भाजपा नीत केंद्र सरकार के खिलाफ नारेबाजी की थी। इसे लेकर सौंदरराजन व सोफिया की बहस भी हुई थी। इसके बाद भाजपा पदाधिकारियों की शिकायत पर सोफिया को गिरफ्तार कर लिया गया था।
बेटी की गिरफ्तारी व उसके बाद न्यायिक हिरासत के खिलाफ उसके पिता ने राज्य मानवाधिकार आयोग की शरण ली थी। उन्होंने पुलिस अधिकारियों पर आरोप लगाया था कि उनकी बेटी को प्रताड़ित किया गया, जिससे वह गहरे मानसिक दबाव में आ गई। गिरफ्तारी सुप्रीम कोर्ट के दिशा-निर्देशों के खिलाफ है।
आयोग ने पुलिस की दलीलों को नहीं माना। उसकी गिरफ्तार को अनुचित बताते हुए एसएचआरसी के सदस्य डी. जयचंद्रन ने कहा कि पुलिस ने सुप्रीम कोर्ट द्वारा तय दिशा निर्देशों का उल्लंघन कर सोफिया को गिरफ्तार किया था। इसलिए उसके पिता को दो लाख रुपये हर्जाना दिया जाए। यह मुआवजा राशि उन सातों पुलिसकर्मियों से वसूल की जाए, जिन्होंने उसे गिरफ्तार किया था। एक पुलिसकर्मी से 50 हजार व छह अन्य से 25-25 हजार रूपये लिए जाएं।